La presente investigación tiene como objetivo analizar el efecto de los instrumentos de apoyo público a la innovación sobre el desempeño productivo y la inversión en innovación de las empresas manufactureras y de servicios en Colombia. El estudio se concentra en analizar el impacto sobre la productividad y la intensidad del gasto en innovación de los instrumentos que financian proyectos bajo las modalidades de cofinanciación y crédito otorgados por entidades gubernamentales que tienen mayor peso en definición de políticas y la financiación de la innovación en Colombia. En la estimación se utiliza una combinación de registros administrativos y resultados de encuestas de innovación para identificar los beneficiarios de los programas. Para estimar el impacto de los programas se utiliza el método de diferencias en diferencias en combinación con el procedimiento de Propensity Score Matching. La evidencia empírica aportada sugiere que las firmas manufactureras y de servicios que han recibido fondos públicos para innovar obtuvieron mejoras significativas en productividad y realizan un mayor esfuerzo en actividades de investigación y desarrollo, con respecto a las empresas que no participan en esos programas.